治療牙周病，必需先對牙周組織的狀況及破壞程度先作一番了解與評估，通常是藉由全口牙根尖X光片及牙周囊袋深度測量來達成，評估完后才能擬定治療計劃，通常牙周病的治療分三期：

治療初期：

將口腔內所有臟東西盡量去除，包括病人本身口腔衛生清潔的完全配合，包括牙刷及牙線等，清潔工具的正確使用。而后以全口超音波洗牙，牙周囊袋深部結石的刮除及牙根整平術，去除不良膺復物、咬合干擾等。

手術期：

比較嚴重的患部，尤其牙周囊袋較深之處，需做牙周翻瓣術，方能徹底將結石及病變組織清除。牙周手術是局部而又安全的手術，在牙科門診即可施行。局部麻醉下，將牙齦稍微翻開，牙周深部的結石、肉牙組織徹底清除，若有骨損失，可配合放置「牙周再生膜」及「人工骨粉」使破壞的骨組織再生，達到積極重建牙周組織的目的。

維持期：

再經歷上述的治療后，通常花了三月至半年的時間，投注了么多的時間與心力于其上，維持成果是極其重要的。除了要永久不間斷地做口腔清潔外，應依醫師指示，定期回診檢查，以充分掌握牙周及口腔情況。