中西醫學有著共同的研究對象，卻有著不同的理論思維模式，這在很大程度上源于認知基礎的不同。

觀察法

中醫學方法論是收集、加工和應用主觀經驗的方法論。它的起點是其特征性的認知方式，即獲得主觀經驗的方式方法，是整個方法論賴以形成的基礎，包括所有的感官和機體感覺，視覺是其中之一，它并不排除觀察法。

西醫學方法論是收集、加工和應用客觀經驗，即作用于客觀事物本身。它收集感性資料的方法主要是觀察法，即主要通過視覺，范圍只能限于外部世界。雖然通過現代醫學技術和儀器設備如CT、核磁共振可以觀察內部世界，但對于觀察者來說，這仍然是觀察外部世界。

兩者均應用觀察法，但內容卻有側重。中醫學方法論在客觀性的基礎上要求主觀性，強調把握觀察者的主觀感受，即將觀察對象的特征與觀察者的感受融合在一起；而西醫學方法論強調客觀性，旨在分辨觀察對象的特征。

實踐過程

認識過程與實踐過程相互影響，它們是方法論實現過程中兩個相互關聯的階段。傳統中醫學的實踐過程主要是臨床實踐，其方法論的特征，體現在變革主觀和保持客觀兩個方面，是感覺、思維操作。西醫學方法論的實踐過程主要變革客觀方面，旨在加工實踐對象，多是儀器、設備操作。西醫已經分化出相對獨立于臨床、專門從事科學實驗的基礎醫學研究領域，而傳統中醫學則無類似的分化，科研實踐與臨床實踐融為一體。此未分化的根源在于方法論。

中醫學方法論的實踐過程并非完全不進行客觀操作，但其操作是以不損傷機體、不干擾正常的機體生命活動為原則和特征。因此，傳統中醫學建立了由外察內、與解剖學有相當區別的藏象學說，將其實踐限定在宏觀層次，其辨證思維則為不損傷機體、不干擾機體正常生命活動的動態分析奠定了基礎，而把西醫學打開機體、建立解剖學的客觀經驗擺在次要地位。這就充分說明了方法論的決定性作用。

西醫學認為宇宙間的一切事物都是由各種實體物質結合構造而成，這種實體中心論、構造自然觀對于西醫學的發展起了深遠的影響。西醫學把關注的重點放在人體結構及構成人體的實體方面，而了解人體結構最直接的方法就是解剖-形態觀察法，所以解剖-形態觀察法也一直是西醫學研究和認識人體的主要方法。西醫學堅信形態是功能的基礎，疾病的根本原因在于局部。故利用解剖方法及其它形態觀察法創立和發展了正常人體的解剖學和組織學，病態人體的病理解剖學、組織病理學和細胞病理學等。而中醫學觀察的重點是功能和氣的運動而不是形態，采用動態的功能觀察法。所謂“視其外應，以知其內藏，則知所病矣。”故不必解剖探視，具體方法便是“司外揣內、以表知里”。中醫藏象學說、經絡學說因此而產生。同時，通過長期的觀察，發現了“內藏”與“外象”的關系，由此發明了從多維度的“象”來獲取內臟生理病理信息的四診方法。另外，取類比象的類比推理也是中醫非常重要的認知方法，它所揭示的不是具體而是抽象，不是個別而是一般，不是精確而是模糊。中醫學的整體觀、辨證觀、功能觀等思想都與這樣的思維方式有關。五行、五臟、五音、五色、五氣等研究及中藥四性五味歸經之論述無不來源于取類比象之法。類比方法在現代科學哲學中受到高度重視，反映了現代科學相互滲透的整體化趨勢。

哲學基礎

對醫學影響最深的文化因素是哲學，傳統中醫學方法論的哲學基礎是“樸素”的唯物辯證法，它是包含有自然科學內容的辯證唯物論，它的抽象程度與現在的辯證唯物論不同。包含有自然科學內容的辯證唯物論較為具體，而現在的辯證唯物論是高度抽象的理論體系。理論越是具體，就越能指導實際操作，故包含有自然科學內容的辯證唯物論更貼近于實踐過程；理論越是抽象，涵蓋的范圍就越廣，故現在的辯證唯物論有更為寬廣的外延。二者的內涵不完全相同，各有其學術價值。