隨著醫療實踐的發展，十五世紀以后，藏醫逐漸形成了北方和南方兩大派。北方派稍早于南方派，以強巴.南杰查桑為代表，南方派則以舒卡.年姆尼多吉為代表，他們分別總結了北部高寒地區和南部河谷地帶的多發病及其治療的經驗，各有特點。

十八世紀以后，著名醫學家第瑪.旦增平措廣泛收集藥物標本，編著了《晶珠本草》，收載藏區藥名兩千余種，對藥物的形態、性味及功能等均講述得十分詳細。

公元一九一六年，十三世達賴喇嘛創辦了“門孜康”（醫算局），廣招門徒，教授醫藥理論，對藏醫藏藥的發展，起到了積極的推動作用。