疾病的分類方法主要有四種：

從形態分：

以隆、赤巴、培根來區分。隆病42種，赤巴病26種，培根病33種。共計101種病。

從疾病性質分：

分為本系、旁系兩類。本系疾病分為增型和損型，又各分別有增、極增、特增和損、極損、特損之異，共18種病。旁系病分合癥、并癥、并發癥三型，其中合癥、并癥各分成均增型、偏增型和均損型、損型。本系旁系的疾病共計74種。旁系中的并發癥有27種。上述病癥合為101種。

按疾病發生部位分：

大致分為身、心兩部位的疾癥。心病指瘋狂、病等。身體病包括內臟、頭部五官、咽喉部等部位病，身體下部包括二陰病，還有皮膚病，脈絡、骨骼等部位病。以及身體內外的赤巴病，水腫、膨脹、疾病、熱病、中毒等。總數共計101種。

以疾病種類分：

分為身體內部病、瘡傷、熱癥、雜癥等，合計也是101種。

以上四種分類方法共計疾病404種，與佛教“四大”學說思想相關，反映了佛學文化的豐富內含。但現代藏醫學已不僅局限于這四種分類法了。