避孕藥是以孕激素和雌激素為主要成分的藥物。這兩種性激素是否會引起胎兒畸形，目前尚未定論。有的研究表明，孕期大量用雌激素，如果胎兒是男性，其生殖器可能會女性化，如尿道下裂；而人工合成的孕激素，其代謝產物有男性素，若胎兒為女孩，也有生殖器男性化的表現，如陰蒂肥大。但通過對許多服避孕藥后妊娠婦女的調查，她們生的畸形兒的比例與不服藥組的相近，也并未看出避孕藥明顯的致畸形作用。為了保險起見，長期服避孕藥的婦女在計劃妊娠時，最少要在停藥半年后妊娠，以保證體內沒有藥物的影響