（1）食管鏡檢查　經細胞學檢查不能肯定診斷而需作活組織檢查者。

（2）纖維胃鏡檢查　適用于胃的良、惡性腫瘤的檢查，可通過胃鏡取活組織進行病理學檢查以明確診斷。

（3）纖維結腸鏡、乙狀結腸鏡檢查　主要對直腸、結腸的良、惡性腫瘤的鑒別診斷具有重要價值。

（4）支氣管鏡檢查　經細胞學檢查不能肯定診斷而X線征象有癌瘤懷疑，需作支氣管鏡檢查以明確診斷。

（5）膀胱鏡檢查　對懷疑膀胱腫瘤，而需取活組織作病理診斷以確診者。

內窺鏡檢查的優點，在于能直接了解腫瘤的形態、范圍、性質等，更重要的對臨床診斷有確診價值的是可以取活組織進行病理診斷，無論對于診斷及鑒別診斷或治療提供可靠的依據。