烤羊肉串中潛藏著對食用者身體健康十分有害的物質。據報道，羊肉串在炭火上烘烤時，脂肪滴落在炭火上燃燒產生的煙霧中含有大量的致癌物質3，4-苯并芘。據北京市衛生防疫部門抽樣檢測報告，在2公斤煙熏制成的烤羊肉串中，含3，4-苯并芘4微克，超過世界衛生組織規定含量的4倍，比1000支香煙所含的還要多。3，4-苯并芘是國際醫學界公認的最強烈的致癌物質之一，能引起皮膚癌、食道癌、胃癌、肺癌等多種癌癥。

烤羊肉串屬于高溫速制食品，常常是表面焦化而中心部分仍半生不熟。在生羊肉中可能沾染多種病菌，如布氏桿菌、結核分支桿菌等，還可能存活著某些寄生蟲，如肺絲蟲、華支睪吸蟲、細粒棘球絳蟲等。如果食用這種半生不熟的烤羊肉串，難免會因感染病菌或寄生蟲而患病。

另外，目前的烤羊肉串多是在鬧市區街頭露天制作、出售，車輛、行人揚起的灰塵不時落在生、熟羊肉串上。據測定，每克城市灰塵中所含細菌數以億計。尤其是在烤制后，在沒有立即食用的羊肉串表面的落塵中，成活的病菌更多。再者，街頭烤羊肉串所用的鐵釬很多都是兩端外觀一樣，不經任何消毒處理反復使用，常常是前一位顧客拿在手中的一端，送還后立即被制作者串上了生羊肉。據測定，即使是洗凈的手指在3小時后，也會沾有30萬個細菌，還可能有肝炎病毒、蛔蟲卵等。在烤制時，中間部位溫度較高，而兩端溫度往往達不到殺滅所有細菌和病毒的高度。所以，為了健康，冬季忌吃街頭烤制的羊肉串。